Liikenne- ja viestintäministeriö tiedotti 9.3.2018 jatkavansa Jäämeren ratahankkeen suunnittelua ratalinjauksella, joka kulkisi Rovaniemeltä Norjan Kirkkoniemeen. Jäämeren rata halkoisi näin ollen saamelaisalueen ja yhteensä kuusi saamelaisalueen paliskuntaa.
Perustuslain 17 pykälän mukaan "Saamelaisilla alkuperäiskansana sekä romaneilla ja muilla ryhmillä on oikeus ylläpitää ja kehittää omaa kieltään ja kulttuuriaan."
Saamelaiset ovat useaan otteeseen tuoneet esille sen, miten ratahanke merkittävästi heikentäisi ja paikoin kokonaan tuhoaisi heidän mahdollisuuksiaan harjoittaa perinteisiä elinkeinojaan ja ylläpitää kulttuuriaan. Saamelaisille oikeus kieleen ja kulttuuriin on sidoksissa elinkeinoihin ja maankäyttöön. Jäämeren rata ja erityisesti valittu reitti rikkoisi saamelaisten oikeutta omaan kulttuuriin estämällä pääsyn perinteisille maille ja näin ollen estämällä kulttuurin harjoittamisen. Erityisen haitallinen Jäämeren radan suunniteltu linjaus on kolttasaamelaisille, joiden alueen rata halkaisee kahtia. Kolttien kyläkokous, kolttasaamelaisten itsehallintojärjestelmä, on lausunnossaan todennut hankkeen uhkaavan koko kolttasaamelaisen kulttuurin olemassaoloa.
Jäämeren rata on suurin yksittäinen infrastruktuurihanke Suomen puolen Saamenmaalla erittäin pitkään aikaan. Jäämeren rataa suunniteltaessa alkuperäiskansojen oikeudet ovat kuitenkin unohtuneet. Ratahanke vaikuttaakin ristiriitaiselta esimerkiksi YK:n alkuperäiskansojen julistuksen artiklan 26 kanssa:
"1. Alkuperäiskansoilla on oikeus perinteisesti omistamiinsa, hallussaan pitämiinsä tai muutoin käyttämiinsä tai hankkimiinsa maihin, alueisiin ja luonnonvaroihin.
2. Alkuperäiskansoilla on oikeus omistaa, käyttää, kehittää ja hallita niitä maita, alueita ja luonnonvaroja, jotka ovat niiden hallussa perinteisen omistuksen tai muun perinteisen hallussapidon tai käytön perusteella tai jotka ne ovat muutoin hankkineet.
3. Valtiot tunnustavat nämä maat, alueet ja luonnonvarat laissa ja suojelevat niitä lailla. Tässä tunnustamisessa on asianmukaisesti kunnioitettava kyseisten alkuperäiskansojen tapoja, perinteitä ja maanhallintajärjestelmiä."
Suunniteltu ratalinjaus kulkee useiden kansallispuistojen sekä arvokkaiden luonnonsuojelualueiden ja suojeltujen soiden ympäristössä. Massiivinen ratahanke aiheuttaa väistämättä ympäristöön jälkiä, ja hankkeella olisi todennäköisesti suuria vaikutuksia myös Näätämöjoen kalakantoihin. Lisäksi liikenneministeriön selvityksessä rata arvioidaan kannattamattomaksi, mutta esille tuodaan kuitenkin se, että yksi iso kaivos voisi muuttaa tilannetta. Mikäli rata rakennetaan ennen kaikkea palvelemaan kaivosteollisuuden tarpeita, hanke on entistäkin suurempi riski paitsi alkuperäiskansalle myös pohjoisen alueen luonnolle ja ympäristölle.
Saamelaiskäräjälain 9 §:n mukaan viranomaisten tulee neuvotella saamelaiskäräjien kanssa kaikista laajakantoisista ja merkittävistä toimenpiteistä, jotka voivat välittömästi ja erityisellä tavalla vaikuttaa saamelaisten asemaan alkuperäiskansana ja jotka koskevat saamelaisten kotiseutualueella saamelaisten kieleen, kulttuuriin tai heidän asemaansa alkuperäiskansana vaikuttavaa asiaa. Saamelaiskäräjät on yksiselitteisesti todennut ministeriön tiedotustilaisuuden jälkeen 15.3., ettei Jäämeren radan linjauksesta ole neuvoteltu heidän kanssaan. Saamelaiskäräjien puheenjohtaja myös kertoi Saamelaisten parlamentaarisen neuvoston kokouksessa, että Saamelaiskäräjät sai alun perin tiedon hankkeesta median kautta.