Suurin osa Suomen linnuista pesii huhtikuun puolivälin ja heinäkuun lopun välisenä aikana. Pesimäaikaiset metsien hakkuut häiritsevät lintujen ja muiden eläinten lisääntymistä. Ne tuhoavat eri arvioiden mukaan useita kymmeniä tuhansia linnunpesiä vuosittain. Puissa olevia pesiä tuhoutuu puita kaadettaessa ja maapesiä metsäkoneiden liikkuessa hakkuualueella sekä maanmuokkauksen yhteydessä. Vuonna 2019 Suomen luonnonsuojeluliiton Pesärauhaa linnuille -vetoomuksessa 13 000 ihmistä vaati kesähakkuista luopumista. 

Metsästysasetuksen 24 §:n mukaan linnut ovat pesimäaikaan rauhoitettuja. Luonnonsuojelulain 39 § puolestaan kieltää rauhoitettujen eläinten tappamisen ja lintujen pesien tarkoituksellisen vahingoittamisen sekä eläinten tahallisen häiritsemisen erityisesti lisääntymisaikana. Myös EU:n lintudirektiivi kieltää lintujen tahallisen häirinnän ja pesien vahingoittamisen. 

Maa- ja metsätalousministeriön asettama kesähakkuutyöryhmä esitti jo vuonna 2000, että puunkorjuu tulee eläinten lisääntymisaikaan suunnata mahdollisuuksien mukaan kuivahkoille ja kuiville kankaille, joissa lajien ja yksilöiden määrä on selvästi reheviä metsätyyppejä vähäisempi. Lisäksi työryhmä esitti, että lintujen tärkeimpään pesimäaikaan touko—kesäkuussa hakkuita tulee välttää lehdoissa, lehtipuuvaltaisilla lehtomaisilla ja lehtipuuvaltaisilla tuoreilla kankailla, rehevissä korvissa sekä rehevissä rantametsissä. Suositukset eivät kuitenkaan ole siirtyneet käytäntöön metsänhoidossa. 

EU:n tuomioistuin otti 4.3.2021 ennakkoratkaisussaan Suomen tähänastista käytäntöä tiukemman linjan EU:n lintu- ja luontodirektiivien pesimäaikaa suojaavien kirjausten tulkinnassa. Tuomioistuimen mukaan EU:n lintudirektiiviä on tulkittava niin, että direktiivissä esitetyt vaatimukset pesimärauhan turvaamisesta eivät koske ainoastaan direktiivin I-liitteen suojelemia lajeja, vaan kaikkia luonnonvaraisia lintuja. Tuomioistuimen mukaan luontodirektiiviä on lisäksi tulkittava niin, että hakkuilla ei myöskään saa häiritä direktiivin IV-liitteen lajien, kuten lepakoiden ja liito-oravien, pesintää, vaikka lajien kanta olisi elinvoimainen ja vaikka hakkuut eivät vaarantaisi lajien suojelun tasoa. 

EU:n tuomioistuimen ratkaisu edellyttää toimenpiteitä kesähakkuiden rajoittamiseksi myös Suomessa. Kiireellisintä olisi rajoittaa hakkuita lintujen tärkeimpään lisääntymisaikaan  erityisesti elinympäristöissä, joissa lintujen tiheydet ovat suurimmillaan.