Tampereen uuden yliopiston perustamisprosessissa on sen eri vaiheissa ilmennyt juridisia epäselvyyksiä. Viimeksi helmikuussa 2018 useat kansanedustajat jättivät kirjallisen kysymyksen yliopiston johtosäännön laillisuudesta ja yliopiston itsehallinnon vaarantumisesta. 

Itsehallinto on keskeistä yliopiston tutkimuksen ja opetuksen kannalta. Riippumattomuus on elintärkeä osa uskottavaa, korkealaatuista tutkimusta. Siksi on tärkeää, että yliopistoyhteisöllä on mahdollisuus osallistua kaikissa suomalaisissa yliopistossa kaikkeen päätöksentekoon siinä määrin kuin laki sitä myös edellyttää. 

Tampere3-hankkeen edelliset epäselvyydet koskivat yliopiston johtosääntöä, joka sisälsi useiden lakiasiantuntijoiden mukaan lainvastaisia kohtia. Ongelmallista yliopistolain ja myös perustuslain 123 §:n takaaman yliopiston itsehallinnon kannalta on se, että säätiöyliopiston konsistorin puheenjohtajana toimii joku muu kuin toimielimen vaaleilla valittu jäsen. 

Nyt esille on noussut uusi ongelma säätiöyliopiston hallituksen valinnassa. Konsistorin esitetään linjaavan hallitusvalinnasta siten, että se sulkisi yliopiston omalla säännöksellä yliopiston sisältä tulevat jäsenet kokonaan hallitusvalinnan ulkopuolelle. Tätä kantaa on julkisesti tukenut esimerkiksi uuden säätiöyliopiston perustajiin kuuluva Teknologiateollisuus ry. Kyseinen linjaus ja esitys ovat perustuslakivaliokunnan kannan (PeVL 11/2009 vp) valossa lainvastaisia.  

Lain ja hyvän hallinnon toteutumisen näkökulmasta huolestuttavaa on myös se, että korkeakoulusäätiön siirtymäkauden hallitus on kesken valintaprosessin puuttunut prosessin etenemiseen muuttamalla johtosääntöä siten, että se pystyy osallistumaan prosessin etenemiseen. Hallitus on asettanut konsistorin puheenjohtajan, jonka asema on muutenkin edellä mainitulla tavalla kyseenalainen, osaksi prosessia. Näin hallitus puuttuu myös omaan mahdolliseen uudelleenvalintaansa.