Suomen evankelis-luterilaisen kirkon ja ortodoksikirkon lisäksi maassamme on lukuisia pieniä seurakuntia ja uskonnollisia yhteisöjä. Osa näistä seurakunnista on järjestäytynyt rekisteröidyiksi uskonnollisiksi yhdyskunniksi, kun taas osa toimii yhdistyspohjalta. Toiminnallisesti seurakunta, joka toimii rekisteröitynä uskonnollisena yhdyskuntana, ei juuri eroa seurakunnasta, joka toimii rekisteröitynä yhdistyksenä. Tämänkaltaisilla seurakunnilla on usein vain muutama sata jäsentä ja vain muutama palkattu työntekijä. Seurakunnat tekevät usein tärkeää yhteiskunnallista työtä, kuten sosiaalista auttamistyötä, vähävaraisten tukemista sekä nuorisotyötä ja palkkaavat palkkatuen turvin pitkäaikaistyöttömiä seurakunnan tekemään sosiaaliseen työhön. 

Palkkatuesta säädetään julkisesta työvoima- ja yrityspalvelusta annetussa laissa (916/2012). Lain 7 luvun 3 §:n mukaan palkkatukea voidaan myöntää kunnalle, kuntayhtymälle, yhteisölle ja muulle työnantajalle, ei kuitenkaan valtion virastolle tai laitokselle.  Hallituksen esityksen HE 198/2014 vp mukaan: "Palkkatukea voidaan myöntää kunnalle, kuntayhtymälle, yhteisölle (yritys, rekisteröity yhdistys ja säätiö) ja muulle työnantajalle (seurakunta, kotitalous) lukuun ottamatta valtion virastoja ja laitoksia." Työ- ja elinkeinoministeriön ohjeessa julkisesta työvoima- ja yrityspalvelusta annetun lain ja asetuksen soveltamisesta yhteisöllä tarkoitetaan muun muassa yrityksiä, yhdistyksiä, säätiöitä ja seurakuntia. 

Rekisteröityä uskonnollista yhdyskuntaa ei ole nimeltä mainittu laissa, hallituksen esityksessä eikä myöskään ministeriön ohjeessa. Tämä on johtanut siihen, että joissakin tapauksissa ELY-keskus on tulkinnut, ettei rekisteröityneenä uskonnollisena yhdyskuntana toimiva seurakunta ole oikeutettu palkkatukeen. Perusteluna on käytetty sitä, ettei rekisteröity uskonnollinen yhdyskunta ole ministeriön ohjeistuksen mukainen yhdistys tai seurakunta. Seurakunnat toimivat kuitenkin samoilla periaatteilla riippumatta siitä, onko ne rekisteröity yhdyskunniksi vai yhdistyksiksi. Tämänkaltaisilla seurakunnilla ei ole myöskään verotusoikeutta niin kuin kansankirkoilla. Tästä syystä rekisteröityjä uskonnollisia yhdyskuntia tulisi kohdella samanarvoisesti yhdistysmuodossa toimivien seurakuntien kanssa myös palkkatuen myöntämisen suhteen.