Kalatalousasioista vastaava alueviranomainen on ELY-keskus, jonka kalatalousviranomaisen tehtäviin kuuluvat mm. yleinen kalatalousedun valvonta vesi- ympäristölupaprosesseissa, kalataloudellisiin velvoitteisiin liittyvät tehtävät, vesistöjen kalataloudellinen kunnostaminen, vapaa-ajan kalatalouden ja kalastusmatkailun kehittäminen sekä kalastuslain ja Euroopan yhteisen kalastuspolitiikan mukaiset valvontatehtävät. 

Kalatalouden alueellisten viranomaistehtävien hallinnointi on keskitetty 1.1.2015 alkaen kolmeen ELY-keskukseen. Varsinais-Suomen ELY-keskus vastaa meren rannikon kalataloustehtävistä, Pohjois-Savon ELY-keskus vastaa Järvi-Suomen kalataloustehtävistä ja Lapin ELY-keskus vastaa koko Pohjois-Suomen kalataloustehtävistä.  

Kalatalousviranomaisina toimivat näiden ELY-keskusten elinkeinot (E) -vastuualueelle sijoitetut kalatalouspäälliköt. ELY-keskuksissa vesivara-asiat ovat puolestaan ympäristö (Y) -vastuualueen alaisuudessa. Vesivaraviranomaisten tehtäviä ovat muun muassa tulvasuojelu, vesistöjen säännöstely ja vesistöjen muun käytön ohjaaminen ja valvonta. 

Kalatalous- ja vesivaraviranomaisten vastuualueille kuuluvat ja valvottavat intressit saattavat useinkin olla vastakkaisia. Näiden viranomaisten toisistaan riippumattoman toiminnan on katsottu turvaavan sen, että kalatalous- ja vesivara-asioiden käsittelyyn saadaan objektiivista ja kattavaa tietopohjaa esimerkiksi lupaviranomaisen tietoon. 

Maakuntauudistuksen valmistelun yhteydessä on tiettävästi keskusteltu myös mallista, jossa kalatalous- ja vesivaraviranomaiset sijoitettaisiin samaan yksikköön, jolloin näiden viranomaisten riippumattomuus toisistaan tulisi kyseenalaiseksi.