Elinkeino- ja yritystukien suuri määrä ja monipolvinen käyttötarkoitus ovat herättäneet laajaa yhteiskunnallista keskustelua. Yritystuista merenkulkuun kohdistuvat tuet ovat varsin poikkeuksellisia. Ne ovat pysyviä ja kohdistuvat tuettavien yritysten liiketaloudelliseen perustoimintaan. Muutoin yritystuet ovat pääsääntöisesti väliaikaisia.  

Tampereen yliopistossa vuonna 2017 tehdyn selvityksen mukaan matkustajamerenkulun tukien kokonaismäärä on ollut noin 250 miljoonaa euroa vuodessa. Erityisen ongelmallisena voidaan pitää matkustajamerenkulkuun kohdistuvaa miehistökustannustukea. Miehistökustannustuen piiriin luetaan koko aluksella työskentelevä henkilökunta riippumatta siitä, kuuluvatko työntekijät esimerkiksi kansi- ja konehenkilökuntaan vai taloushenkilökuntaan. Matkustajamerenkulkuun vuosittain kohdistuvan miehistökustannustuen määrän arvioidaan olevan noin 39 miljoonaa euroa.  

Miehistökustannustuella on pyritty nettopalkkauksen kaltaiseen järjestelmään, joka vapauttaa varustamot työntekijöiden sosiaalikulujen ja palkasta ennakonpidätykseen kuluvan osan maksamisesta. Miehistökustannustuen välityksellä varustamoille palautetaan merimiesten palkan ennakonpidätys sekä työnantajan merimieseläkelaissa säädetty eläkevakuutusmaksu ja osuus tapaturmavakuutusmaksusta. Vuodesta 2004 tilapäiseksi tarkoitettu miehistökustannustuki matkustaja-aluksille säädettiin pysyväksi vuodesta 2009 alkaen. Tuen haittavaikutuksiin lukeutuu valtion menojen kasvun lisäksi mantereen matkailu- ja ravintola-alan yritysten heikentynyt kilpailuasema ja tätä kautta niiden työllistämisedellytysten väheneminen. Valtion menojen pienentämiseksi sekä matkailu- ja ravintola-alan kilpailuneutraliteetin parantamiseksi matkustajamerenkulun miehistökustannustuki olisikin tarkoituksenmukaista ensi tilassa puolittaa.