​Eurooppa-neuvoston arvioitua joulukuussa, että Britannian EU-eroneuvottelujen ensimmäisessä vaiheessa saavutettu edistys on ollut riittävää, neuvotteluissa ollaan nyt siirtymässä toiseen vaiheeseen, jossa sovitaan eron siirtymäajasta sekä EU:n ja Britannian tulevien suhteiden raameista. Siirtymäaikaneuvotteluihin odotetaan neuvotteluohjeita 29.1. kokoontuvalta yleisten asioiden neuvostolta, kun taas tulevista suhteista käytäviin neuvotteluihin suuntaviivat antaa 22.-23.3. kokoontuva Eurooppa-neuvosto. Neuvottelujen aikataulu on tiukka, sillä valmista pitäisi tulla lokakuuhun mennessä, jotta erosopimus ehditään ratifioida ennen maaliskuun 2019 lopussa koittavaa eropäivää.

Siirtymäajasta ja tulevista suhteista käytävien neuvottelujen ohella aloitetaan erosopimuksen laatiminen eroneuvottelujen ensimmäisen vaiheen tuloksista koostetun neuvotteluosapuolten yhteisen raportin pohjalta. Raporttiin kirjattiin neuvottelujen ensimmäisessä vaiheessa sovitut asiat, joista osa on ollut monille brittipolitiikoille hankalia hyväksyä. Tyytymättömyyttä ovat herättäneet erityisesti kirjaukset EU-tuomioistuimen toimivallan jatkumisesta jopa kahdeksan vuotta eron jälkeen Britanniaan jäävien EU-kansalaisten oikeuksien turvaamisessa sekä siitä, että mikäli Pohjois-Irlannin rajakysymykseen ei löydetä muuta ratkaisua, Britannia jatkaa EU:n sisämarkkinalainsäädännön noudattamista myös EU-eronsa jälkeen. Nämä kirjaukset kirvoittivat eräiltä Britannian hallituksen edustajilta heti yhteisen raportin julkaisemisen jälkeen niin torjuvia lausuntoja, että ne ovat herättäneet Brysselissä epäilyksiä Britannian sitoutumisesta raportin kirjauksiin ja saaneet EU:n kiirehtimään niiden saattamista oikeudellisesti sitovaan muotoon.

Mikäli Britannia joutui tekemään hankalilta tuntuvia myönnytyksiä neuvottelujen ensimmäisessä vaiheessa, toisessa vaiheessa se joutunee tekemään niitä vielä enemmän. Britannian markkinoiden vakaudelle elintärkeästä EU-eron siirtymäajasta käytäviä neuvotteluja pohjustavassa komission suosituksessa esimerkiksi esitetään, että siirtymäajan tulisi loppua nykyisen monivuotisen rahoituskehyksen päättyessä vuoden 2020 lopussa, eli brittien toivomaa varhemmin, ja että Britannian tulisi siirtymäaikana edelleen noudattaa EU-lainsäädäntöä kokonaisuudessaan ja vain jättäytyä pois sitä koskevasta päätöksenteosta. Näin ollen Britannia voisi vasta siirtymäajan jälkeen alkaa toteuttaa keskeisimpiä niistä lupauksista, joita EU-eron puolesta äänestäneille annettiin, eli esimerkiksi rajoittaa muista EU-maista tulevaa maahanmuuttoa sekä alkaa neuvotella omia kauppasopimuksiaan. Britannian toiveissa on, että neuvostossa hyväksyttävät lopulliset neuvotteluohjeet olisivat komission suositusta joustavammat, ja ainakin siirtymäajan keston suhteen näin voi hyvin ollakin.

Koska Britannia on jo varhain ilmoittanut aikomuksestaan jättäytyä EU:n sisämarkkinoiden ja tulliliiton ulkopuolelle, EU:n ja Britannian tulevien suhteiden raameiksi ei voi EU:n pääneuvottelijan Michel Barnierin näkemyksen mukaan tulla muu kuin samantapainen vapaakauppasopimus kuin EU:n ja Kanadan tai EU:n ja Etelä-Korean välillä. Mikäli EU:n ja Britannian tulevat suhteet tosiaan ottavat kauppasopimuksen muodon, nyt voidaan sopia vain tästä yleisestä periaatteesta ja päättää käynnistää yksityiskohtaiset neuvottelut vasta eron toteuduttua, sillä siihen asti Britannialla ei ole itsenäistä toimivaltaa kauppapolitiikassa. Komission suosituksen mukaan sillä ei olisi tätä toimivaltaa vielä eron jälkeisen siirtymäkaudenkaan aikana. Esillä on kuitenkin ollut myös sellainen vaihtoehto, että Britannialle annettaisiin oikeus aloittaa neuvottelut uusista kauppasopimuksista heti virallisen eropäivän jälkeen, kunhan sopimukset astuisivat voimaan vasta siirtymäajan päätyttyä. Tämä mahdollistaisi Britannialle kauppasopimusneuvottelujen pikaisen käynnistämisen paitsi EU:n myös muiden kumppaneiden kanssa, millä saattaisi olla ratkaiseva vaikutus erosopimuksen hyväksyttävyyteen Britanniassa.

Neuvottelujen toisen vaiheen lähtökohtien ollessa varsin hankalat ovat Britannian EU-eron perumista vaativat äänenpainot jälleen vahvistuneet niin Britannian kuin EU:nkin puolella. Eroilmoituksen peruminen ei kuitenkaan välttämättä olisi edes juridisesti mahdollista eikä sille näytä olevan kovin vahvoja poliittisiakaan perusteita EU-eron kannatuksen ollessa Britanniassa mielipidetiedustelujen mukaan edelleen lähes yhtä vahvaa kuin toissa kesän kansanäänestyksen aikaan. Niinpä todennäköisimmältä näyttää, että ero todella tapahtuu maaliskuussa 2019. Mikäli Britannia tämän jälkeen muuttaa mieltään, sen on anottava jäsenyyttä minkä tahansa hakijamaan tavoin SEU 49 artiklan mukaisesti. Mikäli se tekisi näin jo eronsa siirtymäkauden aikana, liittymisprosessi olisi luultavasti melko nopea Britannian edelleen noudattaessa kaikkea EU-lainsäädäntöä. Ratkaisevaa olisikin, millainen poliittinen tahto Britannian paluuseen siinä vaiheessa olisi EU:n puolella.