Julkisuuden mukaan Suomen päättämä rokotusjärjestys on aiheuttanut erimielisyyttä asiantuntijoiden keskuudessa. Ilta-Sanomien haastattelussa 30.1.2021 Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin toimitusjohtaja Juha Tuominen kuvailee Suomen rokotusohjelmaa epäeettiseksi, jossa "aluepolitiikka jyräsi terveyspolitiikan". Hänen mukaansa osa alueista kärsii koronasta pahemmin, mutta silti alueet saavat rokotteet väestömäärään suhteutettuina.  

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen (THL) ylilääkäri Hanna Nohynek puolustaa väestöpohjaista rokottamista sillä perusteella, että koronaryppäiden alueen rokottaminen on käytännössä hankalaa, koska suojan muodostamiseen menee aikaa. Nohynekin mukaan THL on mallintanut viime syksynä erilaisten rokotusjärjestyksien tehokkuutta.  

Suomen koronarokotestrategian tarkoituksena on tarjota rajoitetusti saatavilla olevaa rokotetta ensin riskiryhmille, joilla on kohonnut riski sairastua viruksesta vakavasti tai jotka ammattinsa vuoksi ovat tartuntavaarassa. Riskiryhmien luettelosta ei kuitenkaan löydy erikseen mainittuna kehitysvammaisia, joista erityisesti pyörätuolissa istuvat monivammaiset ovat alentuneen keuhkokapasiteettinsa vuoksi vaarassa hengitysteihin iskevän viruksen takia.  

Hallitus on usean ministerin toimesta ja useaan otteeseen ilmoittanut tekevänsä tietopohjaista päätöksentekoa ja tukeutuvansa asiantuntijoiden sekä tutkimuksen kautta saavutettavaan parhaaseen tietoon. Hengenvaarallisen virusepidemian ollessa kyseessä on tehokkaimmat keinot otettava käyttöön ihmishenkien säästämiseksi. Tällöin aluepolitiikka tai mikään muu ulkopuolinen vaikutus ei voi tulla kyseeseen.