Suomen luontotyyppien tuoreimman uhanalaisuusarvioinnin mukaan koko maassa uhanalaisiksi on arvioitu lähes puolet luontotyypeistämme. Luonnon monimuotoisuuden heikkeneminen on hälyttävää, ja suojelualueverkostomme vieläkin/edelleen puutteellinen. Malminetsintä on uhkatekijä myös suojelualueiden luontoarvoille. Suomessa malminetsintä on sallittua luonnonsuojelualueilla, vaikka kaivostoiminta lähtökohtaisesti ei ole. Mikäli kaivoksia ei voi perustaa suojelualueille, on samalla johdonmukaista rajata nämä alueet myös malminetsinnän ulkopuolelle.
Kansallispuistot, luonnonpuistot ja useimmat muutkin luonnonsuojelualueet sijaitsevat valtion maalla ja ne perustetaan asetuksella tai lailla. Natura-alueen perustamisen lähtökohtana on kansallinen velvoite toteuttaa suojelu EU-sääntelyn edellyttämällä tavalla. Tällä hetkellä haettaessa malminetsinnän lupia suojelualueille on asiaa tarkasteltava tapauskohtaisesti ja selvitettävä, millaiselle suojelualueelle toiminta kohdistuu, mitkä ovat alueen suojeluarvot ja millaisia vaikutuksia suunniteltu toiminta ympäristöön aiheuttaa.
Periaatteena on, että niitä luonnonarvoja, joiden perusteella alue on suojeltu, ei saa merkittävästi heikentää. Näin ollen malminetsintätoimenpiteet on käytännössä pystyttävä toteuttamaan tavalla, josta voidaan varmuudella ennakolta todeta, ettei se aiheuta merkittävästi heikentäviä vaikutuksia. Luonnonsuojelualueella malminetsintä edellyttää alueen perustamissäädöksistä tai -päätöksistä riippuen lisäksi ympäristöministeriön, Metsähallituksen tai ELY-keskuksen lupaa. Sellainen voidaan myöntää vain, mikäli toimenpiteet eivät vaaranna luonnonsuojelualueen perustamistarkoitusta eivätkä merkittävästi heikennä Natura 2000 -alueen luonnonarvoja.
Kaivostoiminta ei lähtökohtaisesti ole luonnonsuojelualueilla mahdollista, eikä viranomaisilla ole mahdollisuutta myöntää siihen poikkeusta. Kaivosluvan myöntäminen edellyttää aina suojelualueen perustamislakien, -asetusten tai -päätösten kumoamista tai muuttamista. Useimmilla alueilla tällaiset muutokset edellyttävät myös Natura 2000 -verkoston heikentämistä koskevien poikkeusedellytysten täyttymistä. Tämä tarkoittaa, että merkittävästi heikentävän kaivoshankkeen edellyttämät säädösmuutokset ja luvat ovat mahdollisia vain, jos valtioneuvosto yleisistunnossaan päättää, että hanke on vaihtoehtoisten ratkaisujen puuttuessa kuitenkin toteutettava erittäin tärkeän yleisen edun kannalta pakottavasta syystä.
Myönteisen päätöksen edellytyksenä on lisäksi, ettei hankkeelle ole muita vaihtoehtoja. Tämä merkitsee käytännössä sitä, että mahdollisuudet eri vaihtoehtoihin on selvitettävä ja valittava Natura 2000 -alueeseen kohdistuvilta kielteisiltä vaikutuksiltaan vähiten haitallinen ratkaisu. Mikäli vaikutukset kohdistuvat Natura 2000 -verkoston ensisijaisesti suojeltaviin luontotyyppeihin tai lajeihin, on ennen valtioneuvoston päätöstä pyydettävä myös lausunto EU:n komissiolta.
Kolmantena poikkeusmenettelyn soveltamisen edellytyksenä on vielä se, että verkostoon kohdistuva heikentyminen on luontodirektiivin mukaan korvattava, mistä johtuen jo valtioneuvoston päätöksen käsittelyssä ja mahdollisessa EU:n komissiolta pyydettävässä lausunnossa on oltava tieto siitä, onko heikentyminen mahdollista korvata, sekä niistä menettelyistä, joilla korvaaminen toteutetaan ja rahoitetaan.
Suomessa ei ole toistaiseksi myönnetty millekään hankkeille lupia tämän poikkeuksellisen menettelyn kautta.
Kun kaivoksia ei saa nykyäänkään perustaa luonnonsuojelualueelle, ei ole järkevää sallia myöskään malminetsintää luonnonsuojelualueilla. Malminetsintä myös vaarantaa suojelualueiden luontoa. Malminetsintä luonnonsuojelualueilla sekä Natura 2000 -verkostoon kuuluvilla alueilla on yksiselitteisesti kiellettävä ja nämä alueet on rajattava sekä malminetsinnän että kaivostoiminnan ulkopuolelle.