Luonnontilaisten soiden osuus maamme soista on olemattoman pieni, sillä valtaosa soistamme on ojitettuja. Vapaasti ja luonnontilaisena virtaavia vesistöjä on todella vähän ja monet ympäristöjärjestöt ovatkin ottaneet sydämen asiakseen virtavesien ennallistamisen. Luonnontilaisen ja monimuotoisen metsän osuus kaikista Suomen metsistä on hälyttävän pieni, sillä valtaosa metsistämme on talousmetsiä.  

Erityisenä haasteena on suojelualueiden pienuus ja pirstaleisuus, jolloin uhanalaisten eläinten mikropopulaatioiden välillä ei tapahdu riittävää perimän vaihtoa ja perimä rappeutuu. Lajit taantuvat, heikkenevät ja pahimmassa tapauksessa häviävät sukupuuttoon. On edelleen jatkettava määrätietoista suojelualueiden hankintaan mm. Etelä-Suomen metsäluonnon monimuotoisuuden (METSO) toimintaohjelmalla laajojen yhtenäisten suojelualueiden toteuttamiseksi. 

Suomen luontotyyppien suojelua pitää oleellisesti parantaa, sillä puolet Suomen eri luontotyypeistä on luokiteltu uhanalaisiksi. Moni eliölaji on vaarassa kadota sukupuuttoon. On keskeistä valmistella ja toteuttaa uhanalaisten lajien luonnonsuojelulain mukaisia suojeluohjelmia. Kun lajia suojellaan, suojellaan myös sen elinympäristöä. Luonnon monimuotoisuuden heikkeneminen tarkoittaa sitä, että luonnonsuojelun eteen on panostettava paljon enemmän kuin ennen. Lajien suojeluun varattuja määrärahoja on lisättävä tuntuvasti.