Ylivoimaisesti tärkeimpiä elinympäristöjä maatalousalueiden uhanalaisille lajeille ovat perinne-biotoopit, jotka ovat Suomen uhanalaisimpia luontotyyppejä. 42 erilaisesta perinnebiotooppien luontotyypistä 40 kuuluu äärimmäisen uhanalaisten ja kaksi erittäin uhanalaisten luokkaan.
Uhanalaistumisen pääsyynä on niittymäisten alueiden väheneminen umpeenkasvun myötä, kun luonnonlaitumet ovat vähentyneet. Laiduntavien eläinten väheneminen uhkaa monen tavanomaisen lajin ohella myös perinnebiotooppien sekä niiden lajiston tulevaisuutta.
Luonnon monimuotoisuuden köyhtymisen pysäyttäminen vuoteen 2030 mennessä vaatii nykyisten ohjauskeinojen lisäksi tehokkaampia uusia tai nykyistä laajemmin toteutettavia jo käytössä olevia ohjauskeinoja. Keskeiset ja vaikuttavimmat biodiversiteettiä hyödyttävät lisätoimenpiteet ovat perinnebiotooppien, luonnonhoitonurmien ja pientareiden pinta-alojen kasvu.
Maatalousluonnon tilan parantamisessa on suositeltavaa lähteä liikkeelle lisäämällä tehokkaimmiksi arvioitujen toimenpiteiden toteutusaloja. Tällaisia ovat etenkin perinneympäristöjen hoitoa koskevat ympäristösopimukset sekä monimuotoisuuspellot ja luonnonhoitonurmet. Perinnebiotoopit ja monimuotoisuuspellot ovat yksikkökustannuksiltaan kalliita toimenpiteitä, mutta etenkään perinnebiotoopeille ei löydy korvaavia toimenpiteitä maatalousympäristön uhanalaisten lajien suojelussa. Lisäksi näitä alueita laiduntavia eläimiä pitävien tilojen toimintaedellytyksiä tulee parantaa ja kehittää pitkäjänteisesti.
Ylivoimaisesti tärkeimpiä elinympäristöjä uhanalaisille lajeille ovat erilaiset perinnebiotoopit ja niistä etenkin kedot, eli kuivat niityt. Ne ovat uhanalaisten putkilokasvien, mesipistiäisten ja perhosten tärkeimpiä elinympäristöjä. Pelloilla tai rakennetuissa ympäristöissä esiintyviä uhanalaisia lajeja on selvästi vähemmän.
Suomessa on määritelty kaikkiaan 42 erilaista perinnebiotooppien luontotyyppiä, jotka ovat kaikki uhanalaisia. Perinnebiotoopit ovat ylivoimaisesti maamme uhanalaisimpia luontotyyppejä, sillä niistä 40 kuuluu äärimmäisen uhanalaisten ja kaksi (heinä- ja varpunummet) erittäin uhanalaisten luokkaan.
Kuten lajistonkin osalta, avointen alueiden sulkeutuminen umpeenkasvun seurauksena on uhkatekijöistä merkittävin. Moni hoidossa olevakin kohde on lisäksi heikentymässä typpilaskeumasta sekä ilmaston lämpenemisestä johtuvan kasvillisuuden rehevöitymisen vuoksi.
Tehtyjen arviointien mukaan ohjelmakaudella 2014—2020 käytössä olleista ympäristötoimenpiteistä maaperäeliöstön monimuotoisuutta parhaiten edistivät erilaiset monivuotista nurmikasvillisuutta lisäävät toimet (mm. luonnonhoitopeltonurmet, suojavyöhykkeet), peltojen talviaikainen kasvipeitteisyys sekä perinnebiotooppien hoito ympäristösopimuksella.
Edelleen tehtyjen arviointien mukaan ohjelmakaudella 2014—2020 käytössä olleista ympäristötoimenpiteistä putkilokasvien monimuotoisuutta parhaiten edistivät perinnebiotooppien sekä kosteikkojen hoito ympäristösopimuksella, niittykasviseoksella perustetut monimuotoisuuspellot sekä erilaiset monivuotista nurmikasvillisuutta lisäävät toimet (mm. luonnonhoitopeltonurmet, suojavyöhykkeet).
Edelleen tehtyjen arviointien mukaan ohjelmakaudella 2014—2020 käytössä olleista ympäristötoimenpiteistä pölyttäjien monimuotoisuutta parhaiten edistivät perinnebiotooppien hoito ympäristösopimuksella, niitty- ja maisemakasvipeltojen perustaminen sekä erilaiset monivuotista nurmikasvillisuutta lisäävät toimet (mm. luonnonhoitopeltonurmet, suojavyöhykkeet).
Edelleen tehtyjen arviointien mukaan ohjelmakaudella 2014—2020 käytössä olleista ympäristötoimenpiteistä linnuston monimuotoisuutta parhaiten edistivät perinnebiotooppien ja kosteikkojen hoito ympäristösopimuksella, peltojen talviaikainen kasvipeitteisyys, riista- ja niittykasvipellot sekä erilaiset monivuotista nurmikasvillisuutta lisäävät toimet (mm. luonnonhoitopeltonurmet, suojavyöhykkeet).
Maatalouden harjoittamisessa vaikutukset luonnon monimuotoisuuteen kanavoituvat pääasiassa maankäytön kautta. Suomalaiset pellot ovat viljelyhistoriansa aikana menettäneet osan luontoarvoistaan ja saavuttaneet nykyisen luontoarvon tilan. Luonnon monimuotoisuuden näkökulmasta perinnebiotoopit ovat luontoarvoiltaan parhaita.
Suomi sai CAP27-neuvotteluissa oikeuden maksaa noin viidesosan perustuesta tuotantoon sidottuna tukena joko eläinkohtaisena tukena eläinten määrän mukaan tai tietyille kasveille viljelyhehtaarien mukaan. Tuotantosidonnaisen tuen erikoiskasvipalkkio lisää peltojen kasvidiversiteettiä ja laiduntaville eläimille (varsinkin emolehmät, uuhet, karitsat ja kilit) maksettava palkkio on tärkeä korvaus laiduntamalla avoimena pidettävien perinnebiotooppialueiden hoidon mahdollistamiseksi.
Yksittäisistä tarjolla olevista monimuotoisuustoimenpiteistä tärkein on maatalousluonnon monimuotoisuuden ja maiseman hoitosopimus, jonka avulla kunnostetaan ja säilytetään perinnebiotooppeja ja niiden uhanalaista lajistoa.
Luontokadon pysäyttämisen kannalta keskeisimmiksi toimenpiteiksi, joiden pinta-aloja tulisi erityisesti kasvattaa biodiversiteettiä edistävissä skenaarioissa, valittiin seuraavat viisi toimenpidettä: perinnebiotooppien kunnostus ja hoito, luonnonhoitonurmet, monimuotoisuuspellot, pysyvien pientareiden perustaminen ja leventäminen sekä kukkakaistojen perustaminen peltojen reunoille.
Laidunnetun pinta-alan kehitys on luonnon monimuotoisuuden näkökulmasta keskeistä. Luonnonlaitumilla luonnon monimuotoisuus on suurempi kuin pelloilla, ja peltolaitumilla suurempi kuin rehunurmilla. Varsinkin uhanalaiset lajit ovat riippuvaisia laiduntamalla hoidetuista perinnebiotoopeista.
Alan toimijoilta saadun arvion mukaan sopimusalat ovat pienenemässä uusien viranomaistulkintojen takia jopa 15 000 hehtaaria. Ala on kutakuinkin sama, minkä verran sopimusalojen tulisi kasvaa, jotta Suomi pääsee CAP-suunnitelmassa EU:n kanssa sovittuihin tavoitteisiin. Luonnon monimuotoisuuden kannalta sopimusalojen tulisi kasvaa vielä tätä tavoitetta enemmän.