Presidentin päätöksentekotapa
Parlamentaarista sidosta päätöksenteossa lujitettiin 1999 uudistuksessa siten, että presidentti teki päätöksensä valtioneuvostossa sen ratkaisuehdotuksesta. Jos presidentti ei päätä asiasta valtioneuvoston ratkaisuehdotuksen mukaisesti, asia palautui valtioneuvoston valmisteltavaksi. Hallituksen esityksen antamisesta ja peruuttamisesta päätettiin tämän jälkeen valtioneuvoston uuden ratkaisuehdotuksen mukaisesti. Siten hallituksen esitysten osalta presidentti ei voinut poiketa asiallisesti hallituksen valmistelevasta kannasta. Muissa asioissa tämä edelleen jäi mahdolliseksi. Valtioneuvosto ei puolestaan voinut tehdä ratkaisuehdotuksia valtioneuvoston ja sen jäsenten nimittämisessä, ennenaikaisten vaalien määräämisessä, armahdusasioissa eikä eräissä Ahvenmaata koskevissa asioissa.
Toimivaltaan osallistumisessa kansainvälisiin asioihin tehtiin 1999 samoin tarkennuksia. Sen mukaan Suomen ulkopolitiikkaa johtaa presidentti yhteistoiminnassa valtioneuvoston kanssa. Eduskunta hyväksyy kuitenkin kansainväliset velvoitteet siltä osin kuin perustuslaissa säädetään. Valtioneuvosto vastaa EU:ssa tehtävien päätösten kansallisesta valmistelusta ja päättää niihin liittyvistä Suomen toimenpiteistä, jollei päätös vaadi eduskunnan hyväksymistä. Hallitusmuodon aikaisempi viittaus ”kansainvälisissä toimielimissä tehtäviin päätöksiin siten kuin valtiopäiväjärjestyksessä säädetään”, oli korvattu ilmaisulla EU:ssa tehtävien päätösten kansallisesta valmistelusta.
Joustava säännös otti huomioon mahdolliset muutokset EU:n toimielinrakenteessa, muun muassa Eurooppa-neuvoston muuttumisen viralliseksi toimielimeksi Lissabonin sopimuksen kaltaisen uudistuksen toteutuessa. Eron valtioneuvostolle tai ministerille presidentti myönsi pyynnöstä, pääministerin aloitteesta tai eduskunnan luottamuksen mentyä. Hallituksen muodostaminen tuli uuden perustuslain myötä nimittämismuodollisuutta lukuun ottamatta täysin riippumattomaksi presidentistä.